La Cofradía de San Sebastián como tal organización en El Escorial, como ente asociativo reglamentado, no comienza hasta el siglo XVIII. Durante los siglos precedentes la existencia de la devoción al Santo Sebastián de la que hay constancia por la existencia de la Ermita de su nombre y la celebración de la fiesta el día 20 de Enero de cada año se debería a buen seguro al voto de la Villa del pueblo en su conjunto, "para siempre jamás" en ocasión de la peste.

En 1722 el Papa Inocencio XIII concede una Cédula de Indulgencias a la Cofradía de San Sebastián del Hospital de la Compaña, que la forman los laborantes y servidores del convento.

Hacia 1748 la Cofradía ya estaba asentada en la Capilla del Real Sitio, situada en la calle Floridablanca.

En 1902 se acuerda en una Junta la compra de un estandarte de gala y años más tarde la compra de un estandarte de luto para los entierros de los hermanos difuntos.

En los años posteriores se van introduciendo nuevas costumbres y se comienza a realizar una rifa dónde se daba un carnero. El paso de los años hizo crecer a la Cofradía y poco a poco fue aumentando el número de hermanos.

Con el paso de los años la Cofradía fue perdiendo fuerza, pero en 1989, a través de una Junta Extraordinaria se decide planificar y recuperar la tradicional fiesta y a su vez se redactan los estatutos de dicha Hermandad que hoy la rigen, con fecha de 27 de Abril de 1989.